Deux vagabonds, Vladimir et Estragon, se retrouvent sur scène, dans un non-lieu (« Route de campagne avec arbre ») à la tombée de la nuit pour attendre « Godot ». Cet homme — qui ne viendra jamais — leur a promis qu’il viendrait au rendez-vous ; sans qu’on sache précisément ce qu’il est censé leur apporter, il représente un espoir de changement. En l’attendant, les deux amis tentent de trouver des occupations, des « distractions » pour que le temps passe.
Des inquiétudes naissent : est-ce le bon jour ou le bon endroit ? Peut-être est-il déjà passé ? Que faire en attendant ? Au milieu du premier acte, un autre couple entre en scène : Pozzo et Lucky. Le premier est un homme très autoritaire, le propriétaire des lieux si l’on en croit son discours. Le second est un Knouk, une sorte d’esclave, un sous-homme tenu en laisse, que Pozzo commande tyranniquement. Le jeu continue quelque temps, Estragon reçoit des os de Pozzo. Pour Vladimir, le traitement subi par Lucky est une honte, un scandale ajoute Estragon, mais sans réelle conviction. Peu de temps après, les deux vagabonds infligeront les mêmes sévices à Lucky. À la demande de Pozzo, Lucky interprète une danse, la « danse du filet ». Muet le reste du temps, il se lance ensuite dans une tirade de plusieurs pages sans aucune ponctuation, morcelée et inintelligible. Les deux nouveaux venus disparaissent, et les deux vagabonds se retrouvent à nouveau seuls sur scène.
Godot n’est pas encore venu. Un jeune garçon apparaît, envoyé par l’absent pour dire qu’il viendra demain. Vladimir a l’impression d’avoir déjà vécu cette scène, mais le garçon ne se le rappelle pas. Fin de l’acte I.
Acte II, la lumière de la scène se rallume sur le même décor. Seul l’arbre a changé d’apparence : il a quelques feuilles. Au début de l’acte, en l’absence d’Estragon, Vladimir est « heureux et content », ce qui fait de la peine à Estragon à son arrivée sur scène : « Tu vois, tu pisses mieux quand je ne suis pas là ». Le premier acte se rejoue à l’identique, plus rapide et avec quelques variations. Estragon ne se souvient pas du jour précédent malgré les efforts de Vladimir pour le lui rappeler. Arrivés sur scène, Pozzo et Lucky tombent au sol. L’aide se fait attendre, Estragon souhaitant la monnayer, et Vladimir se lançant dans des tirades sur la nécessité d’agir. Pozzo affirme être devenu aveugle et Lucky est devenu muet, mais il ne se rappelle plus quand, « un jour pareil aux autres ». Après leur départ, étant le seul à se souvenir des événements de la veille, Vladimir réalise la futilité de son existence. La fin de la pièce ne réserve aucune surprise : le garçon de l’acte I vient délivrer le même message, sans se souvenir être venu la veille. Les deux compères envisagent de se suicider en se pendant à l’arbre. Estragon dénoue sa ceinture, son pantalon tombe. Ils y renoncent car ils cassent la ceinture en voulant s’assurer de sa solidité. Enfin, un dernier échange : « Allons-y » dit Estragon. « Ils ne bougent pas » précise Beckett en didascalie.