Cinéaste atypique, cassant les genres par un cinéma résolument « trash », ses premiers films du genre sont Pink Flamingos, Female Trouble, et Desperate Living. Des films en totale rupture avec les conventions et le bon goût, comme en témoigne une scène culte de Pink Flamingos dans laquelle Divine, acteur fétiche de John Waters, mange des excréments de chien. Il est à noter que John Waters fais souvent place aux femmes fortes dans ses films. Nombreuses sont ses héroïnes aux formes généreuses. Divine dans la plupart de ses films, mais aussi Ricki Lake dans Hairspray, où elle vampe les hommes et remporte un concours de danse devant toutes les autres candidates minces. À partir de Hairspray, on notera un assagissement, du point de vue « trash », même si ses films auront toujours cette touche anti-conventionnelle qui caractérise John Waters. Que ce soit dans le choix des acteurs, aux physiques en totale opposition avec les acteurs américains conventionnels, que ce soit par l’humour qui caractérise ses œuvres, humour bien souvent noir ou décalé, voire de mauvais goût. Mais également au niveau des scénarios, qui nous emmènent dans des situations complément ahurissantes : ses films, même moins provocants qu’à ses débuts, seront toujours caractérisés par une vraie rupture avec le cinéma américain conventionnel. A la différence de ses premiers films caractérisés par son mauvais goût, il utilisera une image plus « douce », plus « propre » dans les années 80/90 mais son discours sera d’autant plus virulent et la pervesion d’autant plus efficace : utiliser les conventions d’un teenmovie (« hairspray »), d’un soap opéra (« Polyester ») pour mieux les détourner est une des meilleures réussites du style John Waters.
